Далее была учёба в Троицкой семинарии, а затем преподавание в ней катехизиса, красноречия, философии. Здесь же он принял монашеский постриг. Будучи строгим аскетом и молитвенником, святитель писал неразумным постникам: «Излишнее ослабление тела неестественно. Господь души нашей есть Господь и тела…».

В 28 лет будущего владыку вызвали в Петербург, и следующие 7 лет жизни он трудился в столице. Нева – новая река, ещё один отрезок земного пути…  Это самый известный, но и самый трагический период жизни святителя. Поражает объём занятий и церковных послушаний архимандрита Иннокентия… Ректор Санкт-Петербургской семинарии, профессор богословских наук, автор фундаментального труда по общей истории Церкви, настоятель двух монастырей, цензор и ещё очень большой перечень его обязанностей. При этом, раздавая свою книгу учащимся семинарии, со свойственной ему скромностью отец Иннокентий говорил: «Когда сочините лучше, сожгите эти негодные». 

Будучи цензором, святитель пропустил в печать книгу, в которой была критика модных мистических течений – весьма популярных в высшем светском обществе, за что получил строжайший выговор, а затем был удалён в провинцию в качестве правящего архиерея Саратовского и Пензенского. «Слез не достанет у всякого любомудрого и доброго человека, - высказывается архимандрит Иннокентий о новомодных мистических учениях, - оплакивать раны, кои сия нечестивая и совершенно бесова философия может сделать в умах и сердцах, если токмо будет чтома и преподаваема в школах…». 

Будучи смертельно больным, но по-прежнему в неустанных трудах, оставшиеся несколько месяцев своей жизни святитель провёл в Пензе, где и покоятся его святые мощи. Перед смертью Преосвященный Иннокентий завещал оставшуюся у него небольшую сумму денег в пользу бедных учащихся пензенских учебных заведений. «Кого же благодарить за это?» – спросили у него. «Иисуса Христа», - ответил епископ.

Всего 35 лет земной жизни было отпущено владыке Иннокентию… Но для стяжания благодати Святого Духа количество вряд ли имеет значение... Жизнь святителя это доказала.